Το περιεχόμενο του μαθήματος καλύπτει τα εξής:
Βιοποικιλότητα προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών μικροοργανισμών. Συστηματική μικροοργανισμών και φυλογένεση. Αλληλεπιδράσεις μικροοργανισμών και συμβίωση. Μεταβολική βιοποικιλότητα. Ενεργός ιλύ. Ρόλος των νηματοειδών βακτηρίων και πρωτόζωων σε βιολογικούς καθαρισμούς. Νιτροποιητές και απονιτροποιητές. Θειοξειδωτικά και σιδηροξειδωτικά βακτήρια. Μεθανιογόνα αρχαία. Θειικοαναγωγικοί μικροοργανισμοί. Η μικροβιολογία της εκτεταμένης βιολογικής αφαίρεσης φωσφόρου. Ανοξική οξείδωση της αμμωνίας (ANAMMOX). Μικροβιακή ανάλυση του πόσιμου νερού. Βιοαποδόμηση αγροχημικών και πετρελαιοειδών. Κομποστοποίηση: κυρίαρχες ομάδες μικροοργανισμών και μικροβιακή διαδοχή. Καλλιεργητικές τεχνικές και τεχνικές μοριακής μικροβιολογίας.