Τα προσφερόμενα μαθήματα και η κατανομή τους ανά εξάμηνο και ειδίκευση είναι τα εξής:
| Α’ ΕΞΑΜΗΝΟ | ΠΙΣΤΩΤΙΚΕΣ ΜΟΝΑΔΕΣ, ECTS | |
| Επιλογή τεσσάρων (4) μαθημάτων από τα κάτωθι οκτώ (8) συν το σεμινάριο, για όλες τις ειδικεύσεις. | 7,5 έκαστο × 4 | |
| 1 | Αντιρρυπαντική τεχνολογία ατμοσφαιρικών ρύπων | 7,5 |
| 2 | Τεχνολογία και διαχείριση υγρών αποβλήτων | 7,5 |
| 3 | Τεχνολογία και διαχείριση στερεών και επικινδύνων αποβλήτων | 7,5 |
| 4 | Οικολογική μηχανική και τεχνολογία – Οικοϋδρολογία | 7,5 |
| 5 | Ενέργεια και κτήρια – Ανανεώσιμες πηγές ενέργειας σε κτήρια και οικισμούς | 7,5 |
| 6 | Κυκλική οικονομία και πράσινη επιχειρηματικότητα | 7,5 |
| 7 | Γεωγραφικά συστήματα πληροφοριών | 7,5 |
| 8 | Περιβαλλοντική χημεία | 7,5 |
| Σεμινάριο | 0 | |
| ΣΥΝΟΛΟ Α’ ΕΞΑΜΗΝΟΥ | 30 |
Στο Β’ εξάμηνο, τα προσφερόμενα μαθήματα ανά ειδίκευση είναι τα εξής:
(α) 1η Ειδίκευση: Κλιματική αλλαγή, ανανεώσιμες πηγές ενέργειας και ενεργειακός σχεδιασμός κτηρίων και οικισμών
| Β’ ΕΞΑΜΗΝΟ | ΠΙΣΤΩΤΙΚΕΣ ΜΟΝΑΔΕΣ, ECTS | |
| Επιλογή τουλάχιστον τριών (3) μαθημάτων από τα κάτωθι έξι (6) συν το σεμινάριο. Το τέταρτο μάθημα επιλέγεται από αυτήν ή από τις άλλες ειδικεύσεις | 7,5 έκαστο × 4 | |
| 1 | Τεχνολογίες ανανεώσιμων πηγών ενέργειας | 7,5 |
| 2 | Προσομοιώσεις διασποράς ατμοσφαιρικών ρύπων | 7,5 |
| 3 | Επιδράσεις κλιματικής αλλαγής, προσαρμογή και ευπάθεια σε αυτές | 7,5 |
| 4 | Ενεργειακή αξιολόγηση κτηρίων – προσομοιώσεις | 7,5 |
| 5 | Περιβαλλοντική αξιολόγηση κατασκευών – υλικά φιλικά προς το περιβάλλον | 7,5 |
| 6 | Ενεργειακός και Περιβαλλοντικός Σχεδιασμός Κτηρίων – Μοντέλα προσομοίωσης | 7,5 |
| Σεμινάριο | 0 | |
| ΣΥΝΟΛΟ Β’ ΕΞΑΜΗΝΟΥ | 30 |
(β) 2η Ειδίκευση: Τεχνολογία και διαχείριση αποβλήτων
| Β’ ΕΞΑΜΗΝΟ | ΠΙΣΤΩΤΙΚΕΣ ΜΟΝΑΔΕΣ, ECTS | |
| Επιλογή τουλάχιστον τριών (3) μαθημάτων από τα κάτωθι τέσσερα (4) συν το σεμινάριο. Το τέταρτο μάθημα επιλέγεται από αυτήν ή από τις άλλες ειδικεύσεις. | 7,5 έκαστο × 4 | |
| 1 | Προχωρημένα θέματα τεχνολογίας και διαχείρισης στερεών και επικινδύνων αποβλήτων | 7,5 |
| 2 | Προσομοίωση και έλεγχος μονάδων επεξεργασίας υγρών αποβλήτων | 7,5 |
| 3 | Προχωρημένες διεργασίες στην επεξεργασία υγρών αποβλήτων και ανάκτηση νερού | 7,5 |
| 4 | Περιβαλλοντική μικροβιολογία | 7,5 |
| Σεμινάριο | 0 | |
| ΣΥΝΟΛΟ Β’ ΕΞΑΜΗΝΟΥ | 30 |
(γ) 3η Ειδίκευση: Νέες Τεχνολογίες στη Διαχείριση Υδατικών Πόρων
| Β’ ΕΞΑΜΗΝΟ | ΠΙΣΤΩΤΙΚΕΣ ΜΟΝΑΔΕΣ, ECTS | |
| Επιλογή τουλάχιστον τριών (3) μαθημάτων από τα κάτωθι τέσσερα (4) συν το σεμινάριο. Το τέταρτο μάθημα επιλέγεται από αυτήν ή από τις άλλες ειδικεύσεις. | 7,5 έκαστο × 4 | |
| 1 | Προσομοίωση υπογείων υδατικών πόρων | 7,5 |
| 2 | Συστήματα Παρακολούθησης και Προσομοίωσης Υδρολογικού Κύκλου | 7,5 |
| 3 | Υδροπληροφορική | 7,5 |
| 4 | Φυσικές Διεργασίες και Υπολογιστικές Μέθοδοι στην Παράκτια Ζώνη | 7,5 |
| Σεμινάριο | 0 | |
| ΣΥΝΟΛΟ Β’ ΕΞΑΜΗΝΟΥ | 30 |
| Γ’ ΕΞΑΜΗΝΟ | ΠΙΣΤΩΤΙΚΕΣ ΜΟΝΑΔΕΣ, ECTS |
| Εκπόνηση και συγγραφή μεταπτυχιακής εργασίας, για όλες τις ειδικεύσεις | 30 |
| ΣΥΝΟΛΟ Γ’ ΕΞΑΜΗΝΟΥ | 30 |
Στο πρώτο εξάμηνο δεν υπάρχουν ειδικεύσεις. Η δήλωση των ειδικεύσεων γίνεται πριν την έναρξη του δευτέρου εξαμήνου. Η ειδίκευση του ΜΦ δεν είναι περιοριστική για την επιλογή θέματος μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας (ΜΔΕ) που να έχει επιβλέποντα από άλλη ειδίκευση. Η επιλογή θέματος ΜΔΕ γίνεται έως την έναρξη του τρίτου εξαμήνου (30/9 κάθε έτους). Δυνατότητες αναστολής σπουδών για ένα έτος υπάρχουν σύμφωνα με τον κανονισμό (δείτε κανονισμό)